تتمحور أهداف المعهد حول ما يلي:

• تطوير حقل دراسات المرأة والنوع الاجتماعي بما يتلاءم مع الحاجات المعرفية في سياق البنى الاجتماعية والاقتصادية المميزة للحالة الفلسطينية في شرطها   الاستعماري.
• تطوير الأطر النظرية والمفاهيمية المتعلقة بتحليل علاقات النوع الاجتماعي والمساهمة في الجدالات المحلية والعالمية حول قضايا المرأة والنوع الاجتماعي في المنطقة العربية.
• المساهمة في بلورة الخطاب السياسي والتنموي والنسوي المرتكز على تعزيز الصمود وآليات التحرر في الإطار الفلسطيني.
• المساهمة في تكوين كوادر كفؤة في مجال البحث والعمل التنموي من منظور عدالة النوع الاجتماعي.
• تطوير ملكة الفكر النقدي والتحليلي لدى الطلبة.
• تفعيل التواصل والتعاون والتنسيق بين معهد دراسات المرأة ودوائر أخرى داخل جامعة بيرزيت، ومع جامعات محلية وعربية ودولية، خاصة دول الجنوب بهدف تبادل الخبرات والمعارف في مجال دراسات النوع الاجتماعي.
• المساهمة في جعل جامعة بير زيت بيئة آمنة وعادلة وخالية من كافة أنواع التمييز، بما فيه التمييز المبني على الجنس.
• المشاركة في توثيق العلاقة مع شبكة المؤسسات النسائية الفلسطينية.